Tenía claro que mediante el mod_rewrite debo interpretar las rutas (URL) de acceso y así que no cambien según la versión del código que esté ejecutando el cliente, a menos que sea necesario.

Continuaremos buscando. Gracias de todas formas.

Si quieres hacer eso que comentas, en lugar de ejecutar todos los usuarios la misma aplicación, en la pantalla de login puedes añadir una funcion que te consulte en la base de datos esa tabla que indicas de que version esta ejecutando cada usuario, y en función de ese dato, los rediriges a 2 o 3 virtualhosts distintos de apache donde tienes las distintas versiones del codigo y cada version del codigo apuntando a su propia bbdd mysql.

Por ejemplo, supongamos que la aplicacion es el famoso app.contoso.com, y tu quieres probar las versiones 3 y 4, pues añades al dns app3.contoso.com y app4.contoso.com, luego en apache añades al .conf los para app3 con una ruta /var/www/app3 y lo mismo para app4, y en mysql create database app3 y create database app4, cambias en el config de cada instancia la cadena de conexion de la bbdd y luego solo te queda modificar el fichero de login de app.contoso.com, añadiendo la funcion de la que hemos hablado antes, que sera quien te diga a que usuarios hay que redireccionar, y el resto siguen funcionando normalmente

saludos y espero que te sirva de ayuda